Cytoscape 3.7.1免费开源(生物科学数据分析)英文版图文教程附：下载地址

软件介绍：

Cytoscape软件简介

• Cytoscape是一款开源的网络可视化与分析软件，自2002年由系统生物学研究团队开发以来，已成为生物信息学领域不可或缺的工具，同时广泛应用于社交网络、计算机网络等复杂数据关系分析场景。其核心功能是通过图形化界面将节点（如基因、蛋白质、社交个体）与边（相互作用、社交关系）构成的复杂网络直观呈现，并支持多维数据整合与深度分析。

核心功能与特色

• 多格式数据支持：支持SIF、XGMML、CSV/TSV等标准格式，可导入蛋白互作、基因调控等网络数据，并关联基因表达、功能注释等属性信息。例如，用户可通过颜色映射节点表达水平，或用边粗细表示相互作用强度。
• 智能布局算法：提供力导向、环形、分层等20余种布局算法，可自动优化网络结构。例如，通过“Attribute Circle Layout”按节点度数同心圆排列，快速识别关键枢纽节点。
• 插件生态扩展：拥有超过200个插件，覆盖功能富集分析（ClueGO）、模块识别（MCODE）、数据库连接（stringApp）等场景。如stringApp可一键从STRING数据库导入蛋白互作网络，并标注KEGG通路信息。
• 跨平台与自动化：支持Windows、macOS、Linux系统，提供Python/R脚本接口（Cytoscape Automation），实现大规模数据批处理。其姊妹项目Cytoscape.js更可嵌入网页，构建交互式网络图表。

应用场景

• 在生物医学领域，Cytoscape被用于解析疾病相关基因调控网络、挖掘药物靶点；在社会科学中，可分析社交网络传播路径；在计算机领域，则能可视化网络拓扑结构。其开源特性与活跃社区（如GitHub、论坛）持续推动功能迭代，成为复杂网络研究的标杆工具。

安装步骤：

1.解压安装包：①鼠标右击【Cytoscape 3.7.1(64bit).exe】压缩包②选择【以管理员身份运行】(亦可用电脑上安装的解压软件解压）。

2.点击【安装】。

3.安装包解压中。

4.打开解压后的文件夹【Cytoscape 3.7.1(64bit)】文件夹，鼠标右击【jdk-8u20-windows-x64.exe】选择【以管理员身份运行】。

5.点击【下一步】。

6.点击【下一步】。

7.软件安装中。

8.点击【确定】。

9.点击【下一步】。

10.软件安装中。

11.关机【关闭】。

12.回到解压后的文件夹【Cytoscape 3.7.1(64bit)】文件夹，鼠标右击【Setup.exe】选择【以管理员身份运行】。

13.点击【Next】。

14.选择【I accept…】,点击【Next】。

15.修改路径地址中的第一个字符C可更改安装位置（如：把C改为D软件将安装到D盘），点击【Next】。

16.点击【Next】。

17.点击【Next】。

18.软件安装中。

19.点击【Finish】。

20.创建桌面快捷方式：①点击桌面任务栏中的【开始图标】>点击【所有应用】②将【Cytoscape】图标拖到电脑桌面。

21.鼠标右击桌面【Cytoscape】图标，选择【以管理员身份运行】。

20.软件启动中。

22.软件安装完成。

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